Chercheur-e postdoctoral-e (H/F)

Projet de recherche postdoctoral : facteurs liés à l'évolution et à la transmission des virus de l'influenza aviaire dans les réseaux de marchés de volailles vivantes

Contexte
Les virus de l'influenza aviaire hautement pathogène (IAHP) se propagent rapidement au-delà des frontières et pouvant potentiellement être à l'origine de pandémies'². En Asie du Sud-Est, et notamment au Cambodge, les systèmes de production et de commerce des volailles joue un rôle crucial dans l'émergence et la propagation de nouveaux virus de l'influenza aviaire. Les études de surveillance menées dans plusieurs marchés de volailles vivantes ont révélé des prévalences élevées de virus influenza aviaire chez les volailles³, souvent associés à des co-infections par différentes souches4 et à des cas humains sporadiques5. Des stratégies de surveillance efficaces sont indispensables pour détecter rapidement et limiter l'émergence et la propagation des virus chez les volailles, et prévenir les infections humaines.

Résumé du poste
Nous recherchons un-e chercheur-e postdoctoral-e motivé-e pour rejoindre notre groupe EPIDESA (épidémiologie et aide à la décision en santé animale, https://epidesa.inrae.envt.fr), au sein de l'unité mixte de recherche Interactions Hôtes-Agents Pathogènes (IHAP) (INRAE-ENVT). La personne recrutée étudiera les facteurs épidémiologiques qui influencent l'évolution des virus de l'influenza aviaire dans les réseaux de marchés de volailles vivantes au Cambodge, à partir d'un jeu de données longitudinal généré au cours du projet TrackFLU (https://trackflu.inrae-envt.com). Pendant un an, le projet TrackFLU a suivi 20 sites de volailles au Cambodge, notamment des marchés de volailles vivantes, des élevages et des abattoirs. Les données recueillies portent sur la production et le commerce des volailles ainsi que sur les pratiques de biosécurité ; des prélèvements de volailles ont également été réalisés pour détecter des virus de l'influenza aviaire. Les données génomiques virales obtenues offriront une occasion inédite de relier l'évolution et la transmission des virus au contexte épidémiologique et écologique dans lequel ils circulent. La personne recrutée analysera les séquences génomiques complètes au moyen d'analyses phylodynamiques et computationnelles, en les associant aux données longitudinales sur les pratiques, afin d'identifier les facteurs liés à la co-circulation virale et aux réassortiments. Ce poste offre une occasion stimulante de travailler à l'interface de la génomique des agents pathogènes et de l'épidémiologie des maladies infectieuses, en contribuant à mieux comprendre l'émergence et la propagation des virus de l'influenza aviaire dans les réseaux de marchés de volailles vivantes au Cambodge.

Environnement et équipe de recherche
Ce poste postdoctoral s'inscrit dans le projet TrackFLU, financé par une bourse ERC Starting Grant. Il offre d'excellentes possibilités de développement professionnel : participation à des conférences nationales et internationales ; collaboration avec l'Institut Pasteur du Cambodge, des acteurs locaux, notamment l'Animal Health and Production Research Institute (NAPHRI) et des équipes en phylodynamie (ETH Zürich, Institut Pasteur de Paris) ; possibilité de co-encadrer des étudiant-es de master et de doctorat ; accès aux laboratoires de séquençage de l'IPC et au cluster de calcul d'INRAE.

Encadrement scientifique
Dr Claire Guinat (INRAE, Toulouse, France) étudie les facteurs épidémiologiques qui façonnent la dynamique de transmission des maladies infectieuses animales. Elle possède une solide expertise des approches quantitatives et phylodynamiques.
Dr Arthur Kocher (INRAE, Toulouse, France) étudie l'écologie et l'évolution des maladies humaines et animales en combinant des approches moléculaires, les statistiques bayésiennes et la phylogénomique.